Genshiken 2 è il seguito della prima stagione. Il club scolastico degli otaku, altresì nota come Genshiken, è ora sotto la responsabilità di un Kanji Sasahara più maturo. Tra un semestre all'altro si notano dei cambiamenti, il primo tra tutti quello dell'arrivo di un nuovo membro, ossia l'entrata in scena del personaggio di Chika Ogiue. L'obiettivo iniziale di Sasahara di fondare un circolo doujin e vendere le opere autoprodotte sta per avverarsi, ma la realtà a volte sa essere crudele ed imprevedibile... Intanto anche il rapporto tra Souichirou Tanaka e Kanako Ohno sta prendendo pieghe importanti.