Takato Matsuda è un ragazzino allegro e con la testa piena di sogni, che ama così tanto fantasticare con le avventure dei Digimon al punto da inventarsene uno tutto suo, Guilmon. Ciò che però Takato non sa è che in realtà queste misteriose creature esistono davvero e, di tanto in tanto, per motivi ignoti, penetrano nel mondo umano. L'incontro di Takato col piccolo Kurumon da il via ad una grande avventura, in cui il ragazzo sarà affiancato proprio da Guilmon, il dinosauro rosso da lui inventato a cui i misteriosi poteri di Kurumon hanno dato magicamente vita. Al ragazzo si affiancano l'amichevole e prudente Jiangliang Lee (col suo Terriermon) e la fredda e scostante Ruki Makino (con Renamon). Tre personalità differenti e spesso in contrasto fra loro, che dovranno imparare a conoscersi e a collaborare per venire a capo di innumerevoli misteri. Perché i Digimon giungono nel mondo reale? Qual è la loro vera natura? Perché una misteriosa organizzazione del mondo umano è a conoscenza del mondo digitale?