Una sacra guerra, da un'antica mitologia, in cui la dea Athena e il dio Hades combattono per la difesa e la conquista della Terra, si ripete ogni 200 anni. La storia inizia nel XVIII secolo in Europa, 243 anni prima della serie originale di Saint Seiya. Tre ragazzini, Tenma, Alone e Sasha, hanno condiviso assieme un’infanzia molto felice. Tenma, litigioso ma onesto, si è recato al Santuario per diventare un cavaliere di Athena. E' lì che il ragazzo si riunisce a Sasha, sorella di Alone e reincarnazione della dea. Alone, che è gentile e ama dipingere, è stato prescelto dal re dei morti, Hades, come corpo in cui risorgere. Tenma conquista l'armatura di Pegasus e viene coinvolto nella feroce battaglia contro il suo miglior amico, Alone, posseduto da Hades. I destini di Tenma, Hades, e Athena sono risucchiati in un vortice che costituisce un prologo all'originale Saint Seiya.