Yumekui Merry racconta la storia di Fujiwara Yumeji, uno studente delle superiori, con lo strano potere di capire i sogni che una persona avrà in base al colore della sua aura. Il ragazzo fa spesso l'incubo di lottare contro i gatti e non sa ancora di essere il portale che unisce il mondo dei sogni a quello reale. Un giorno, di ritorno da una libreria, incontra Merry, una ragazza un po' particolare proveniente dal mondo dei sogni ma bloccata in quello umano. Da quell'istante la sua vita cambia e insieme a Merry si trova coinvolto in una dura lotta contro i gatti che vogliono impadronirsi del suo corpo per portare avanti i loro loschi scopi: invadere il mondo reale. Chi avrà la meglio in questa guerra epocale tra ningen e neko?