La storia si svolgerà in un mondo parallelo, che avrà luogo dopo gli eventi del primo gioco e svilupperà la storia dalle prospettive di tre protagonisti: Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori e Yuuma Nosaka. La storia ruota intorno a un gruppo di ragazzi che vivono su un’isola in cui amano giocare a calcio. Il loro club di calcio viene improvvisamente abolito e l’unico modo per ristabilirlo è quello di vincere il Football Frontier. Il protagonista, Asuto Inamori e compagni, lasciano l’isola per andare a Tokyo e frequentare la Scuola Superiore Raimon per prendere poi parte al Football Frontier. Ma la loro prima partita è contro i primi classificati, la Seishou Gakuen.