L'anime a differenza del manga da cui è tratto modernizzato, non è più ambientato nella News York degli anni 80, bensì alla fine degli anni 10 del 2000. New York, la polizia sta indagando su una serie di strani suicidi. Un giorno un uomo viene ucciso a sangue freddo in mezzo alla strada ma, prima di morire, consegna ad un giovane capobanda di nome Ash una sostanza misteriosa pronunciando ancora una volta le parole "Banana Fish". Cosa si nasconde dietro tutte queste morti sospette? Ora tocca ad Ash scoprire la verità.