Ragazza un po' teppista, torna a casa per trovarla in fumo e rovine. Il padre, brillante scienziato, è morto. Nel suo petto è conficcata la metà dell'arma da lui inventata, la spada forbice gigante. L'altra metà è scomparsa, insieme all'assassino. Decisa a vendicarsi, Ryuko Matoi va all'Istituto Honnoji. Un'accademia gerarchica, dove gli studenti più forti indossano delle divise potenziate. A dirigerli è l'erede di una grande dinastia: Satsuki Kiryuin. Nello sguardo glaciale di Satsuki, Ryuko legge il disprezzo. E per cancellarlo, dovrà accantonare ogni inibizione, (s)vestirsi con una speciale divisa alla marinara e combattere.