Improvvisamente in ogni angolo del globo sono apparse le "Fleet of Fog" (flotta della nebbia), navi da guerra equipaggiate con super-armamenti. L'umanità , incapace di difendersi, è stata schiacciata ed ha perso il dominio sui mari, di conseguenza la possibilità di viaggiare via acqua. A 17 anni dalla devastante guerra navale Gunzou Chihaya e i sui amici riescono prendere il controllo su un sottomarino della flotta nemica e lo rinominano I-401. Così con l'aiuto di Iona il "mental model" (un androide) della I-401, sferrano il contro-attacco rivolto al resto della flotta della nebbia.