Sequel di Sidonia no Kishi. - Il sistema solare non esiste più, distrutto dalla bellicosa razza aliena dei Gauna. L'umanità è ridotta a vagabondare per l'Universo a bordo della Cydonia, ultima Arca vitale in cerca di nuovi pianeti da abitare. Tanigaze Nagate viene arruolato suo malgrado nel team dei Knights of Cydonia, piloti di avveniristici caccia da combattimento spaziali, ultimo baluardo per la difesa del falciato genere umano...