La storia inizia con l'incontro tra Hikaru Shindo, comune studente delle elementari privo di particolari qualità, svogliato e poco incline agli studi, e Sai no Fujiwara, spettro di un vecchio maestro di go vissuto un migliaio di anni prima che solo Hikaru è in grado di vedere. Incapace di raggiungere il Nirvana in quanto ancora desideroso di migliorarsi nel gioco del go, Sai aveva fatto ritorno in questo mondo già un secolo prima, aiutando un allora giocatore in erba, tale Shusaku Honinbo, a diventare il più forte giocatore di go della storia. Non ancora appagato, complice anche la morte in giovane età di Shusaku, Sai è tornato nuovamente in questo mondo per proseguire nella sua strada... peccato che questa volta si sia imbattuto in Hikaru, che non ha mai tenuto in mano una pietra e tutto vorrebbe tranne che mettersi a giocare ad un gioco vecchio e noioso come il go. Tuttavia, per far contento Sai, Hikaru decide di giocare ogni tanto, finendo per incontrare Akira Toya, suo coetaneo sulla strada del professionismo che farà scoccare anche in Hikaru il desiderio di imparare a giocare a go.