Teppei Takamiya è il guardiano di una fattoria nell’isola Kamui, nel nord del Giappone. Suo fratello maggiore, Kotaro Takamiya, parte per studiare robotica in Germania e diventa uno dei più brillanti scienziati al mondo. Cinque anni dopo, i due fratelli si riuniscono durante un incontro di robotica a Mechatopia, in Cina, durante il quale Kotaro annuncia il suo interesse per l’intelligenza artificiale. L’incontro però si interrompe drammaticamente quando Kotaro, dopo che tutti i presenti sono stati uccisi, viene catturato da dei sicari dell’Impero Meccanico (Impero delle Macchine nell’adattamento televisivo dell’anime), il Maggiore Aramis e il tenente Metal Face e condotto all’Area, la base segreta dell’Impero nascosta nel deserto del Gobi da una tempesta perenne di sabbia che ricopre tutta la zona.