Anno 2059. L'umanità è ormai definitivamente entrata nell'era della colonizzazione dello spazio e molte flotte di coloni spaziali sono da tempo in viaggio in ogni zona della galassia alla ricerca di nuovi pianeti su cui stabilirsi. Una di queste flotte colonizzatrici, la Macross Frontier, è in viaggio verso le zone centrali della Galassia ma per i suoi abitanti non è l'andamento della traversata l'argomento di maggiore interesse. Sulla nave madre della flotta Frontier è infatti in arrivo una grande celebrità: Sheryl Nome, conosciuta anche come la "Fata Galattica", la cantante più famosa e popolare di tutte le flotte Macross. Contemporaneamente tra i cadetti assegnati a fare da supporto alla super star c'è Alto Saotome, un ragazzo proveniente da una famiglia di spicco nel teatro tradizionale giapponese ma che ha abbandonato tale strada dopo una crisi per seguire la carriera di pilota. E al contempo Ranka Lee, un'adolescente con una smisurata passione per il canto, non vede l'ora di andare allo spettacolo della sua cantante preferita. Giunge infine il giorno del concerto di Sheryl, ma proprio in quel momento la Flotta viene attaccata da misteriosi esseri di forma insettoide conosciuti solo come "i Vajra..."