La storia del 2 film riprende dal momento in cui si era interrotta la trama del primo film, Macross F ~Itsuwari no utahime~ (Macross F: The False Diva), e continua fino alla fine della serie, si caratterizza rispetto al primo film per la sceneggiatura e le animazioni completamente nuove ed il largo spazio dato ai concerti live di Ranka e Sheryl.