Secondo capitolo della nuova saga di Neon Genesis Evangelion. Continua la lotta serrata dell'umanità, rappresentata dai membri dell'Agenzia Speciale Nerv, alle misteriose creature chiamate "Angeli".Cresce il numero di Children selezionati e facciamo la conoscenza di Asuka, Mari e Kaworu e che si lega subito a Shinji. La battaglia si fa sempre più estenuante, nella speranza di prevenire il Third Impact, che si verificherebbe nel caso in cui un Angelo dovesse entrare nel Terminal Dogma del quartier generale della NERV.