2029. New Port City, Giappone. In un mondo in cui la nanotecnologia ha compiuto passi da gigante, portando alla quasi totale ibridazione tra essere umano e macchina, si muove la Sezione 9 di Pubblica Sicurezza, un reparto speciale della polizia preposto alla risoluzione di crimini e terrorismo informatici. Tra le sue fila spicca la figura del Maggiore Motoko Kusanagi, donna cyborg con corpo e cervello completamente cibernetici (tranne che per alcuni tessuti neurali), che si ritroverà invischiata nel caso del “Burattinaio”, geniale quanto misterioso hacker in grado di introdursi nella zona più remota dei cervelli cibernetici e di prenderne il controllo.