Siamo negli anni '50: il detective Kiba inizia ad indagare sull'incidente di una ragazzina, Kanako, che è stata spinta sui binari mentre un treno era in transito. Testimone dell'accaduto è una sua amica, Yoriko, che adora Kanako: tra le due esiste un rapporto che va oltre la semplice amicizia tra adolescenti, spirituale, intenso. Kanako viene trasportata prima in un'ospedale e subito dopo in uno strano laboratorio a forma di scatola, dove sopravvive miracolosamente. A questo punto prende il via un'iperbolica indagine che coinvolge alcuni personaggi molto particolari, come Eno-san, Toriguchi e soprattutto l'enigmatico Kyougokudou.