La ragazza che saltava nel tempo racconta la storia di Makoto Konno una studentessa delle superiori che un giorno inciampa nel laboratorio di scienze e per sbaglio urta un congegno per il viaggio nel tempo. Dopo questo avvenimento scopre che se compie un salto abbastanza lungo riesce a tornare indietro nel tempo ad un momento a scelta della sua vita. Makoto inizia quindi ad utilizzare questo potere per risolvere problematiche della sua vita o semplicemente per divertirsi. Ma a questo punto scopre che ogni sua azione va ad influire sugli eventi quasi sempre in modo catastrofico e viene costretta ripetutamente ad usare il suo potere per porre rimedio a situazioni problematiche che lei stessa ha causato. Quando il suo amico Chiaki Mamiya le confida di essere innamorato di lei, Makoto torna indietro nel tempo per evitare di sentirselo dire e continuare ad avere un rapporto d'amicizia con il ragazzo, finchè non stravolge i rapporti con i suoi amici e capisce che non ci che vuole.