Nell'anno 2015 la centrale dati della CC corporation fu completamente distrutta in un incendio, evento che sancì la fine celebre gioco online "The World". mettendo insieme i dati recuperati e quelli per un nuovo progetto la CC riesce a ricostruire in qualche modo il gioco: ecco quindi nel 2016 debuttare "The World R:2". Haseo è un nuovo giocatore, ha voluto provare "the World" invogliato da un amico che aveva parlato bene della precedente versione, ma non sembra trovarsi troppo a suo agio col gioco. Ben presto però viene catturato dal carisma di Ovan che lo porta ad unirsi con lui alla Brigata del Crepuscolo. Come a suo tempo .hack//Sign, Roots non è un prequel per l'imminente nuovo gioco Bandai basato su "The World" (.Hack//G.U.). Di nuovo lo studio Be Train alla realizzazione e Koichi Mashimo alla regia... ma con un assenza piuttosto importante che è quella di Yuki Kajura, creatrice della colonna sonora che era uno dei maggiori punti di forza del primo capitolo.